Panionion, İyonların dini ve politik birliği olarak M.Ö. 700’lerde Poseidon’a adanmış bir merkezdir. Pygela, Truva sonrası sağlık amaçlı kurulan bir kent olup, erken Tunç Çağı'ndan Bizans'a kadar yerleşim görmüştür.
Neopolis, Kuşadası’nın Yılancı Burnu’ndaki ilk yerleşimlerinden biri olup kalıntıları deniz altındadır. Anaia (Kadıkalesi), Samos Boğazı’nı kontrol eden ve Prehistorik dönemden Osmanlı'ya kadar iskan edilmiş bir yerleşimdir. Kuşadası'nda gezilecek antik kentler – 5 antik kent:
1. Panionion Antik Kenti
Panionion Antik Kenti, İyon uygarlığının önemli bir dini ve politik merkeziydi. İyonya şehir devletlerinin M.Ö. 700’lerde kurduğu bir federasyonun toplandığı yer olarak bilinir. Bu federasyon, 12 şehir devletinin bir araya gelerek oluşturduğu bir birlikti ve delegeleri, Panionion’da toplanarak önemli kararlar alırlardı. Bu federasyonun merkezi, Poseidon Helikonios’a adanmış bir sunak ve 11 basamaklı bir antik tiyatroya sahip bir yapıyı barındırıyordu.
2. Pygela Antik Kenti
Pygela Antik Kenti, Aydın ili Kuşadası ilçesinde insanlık tarihinin ilk sağlık şehri olarak bilinir ve adını ünlü coğrafyacı Strabon’un Geographika adlı eserinde geçer. Strabon'un aktardığına göre, Truva Savaşı sonrası, kaba etlerinden hastalanan komutan Agamemnon’un askerleri, kahinlerin tavsiyesi üzerine bu bölgeye gelip tedavi olurlar ve burada bir kent kurarlar. Antik Yunanca’da “kalça” anlamına gelen pyge kelimesi kente isim olur ve Pygela olarak anılmaya başlar.
1974-1978 yıllarında yapılan kazılarda, Pygela’nın erken Tunç Çağı'ndan Orta Bizans dönemine kadar kesintisiz bir yerleşime sahip olduğu anlaşılmıştır, bu da Pygela'nın Truva Savaşı’ndan çok önce var olduğunu gösterir. Kentte villa, üç nefli kilise ve su kemeri gibi çeşitli yapılar gün yüzüne çıkarılmış olsa da, Pygela’nın limanı ve birçok yapısı hâlâ keşfedilmeyi beklemektedir.
3. Neopolis Antik Kenti
Neopolis Antik Kenti, Kuşadası’nın ilk yerleşimlerinden biridir ve Yılancı Burnu olarak bilinen, Güvercinada’nın güneyinde denize doğru uzanan bir yarımadada yer almaktadır. Bu kent, İyonlar tarafından kurulmuş olup, antik çağlardan kalma kalıntıları hala deniz altında görülebilmektedir.
4. Anaia (Kadıkalesi) Antik Kenti
Anaia (Kadıkalesi) Antik Kenti, Kuşadası şehir merkezine yaklaşık 8 km uzaklıkta, Ege Denizi’nde önemli bir ticaret yolu olan Samos Boğazı’nı kontrol eden stratejik bir konumda yer alır. Kadıkalesi olarak bilinen bu höyük, Prehistorik dönemden Osmanlı dönemine kadar kesintisiz bir yerleşim alanı olmuştur.
Kazılarda ele geçen çanak çömlek buluntuları, bu yerleşimin yaklaşık 6000 yıl öncesine kadar uzanmaktadır.